Le JS et CSS doivent être dans un sous-dossier de la racine, puisqu'ils doivent dans la plupart des cas être publics et servis directement aux navigateurs des visiteurs.
Donc pas de règle particulière, si ce n'est qu'il est sage de les ranger proprement (un dossier pour le JS, un pour les CSS, un pour les versions minifiées... Mais là ça tient plus de l'organisation d'un projet web en général que du Java EE.
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