C'est un peu plus complexe que ça, mais tu peux faire tourné une appli pour kde sous gnome et inversement, mais certains fonction, comme les notification par exemple pour ne pas ou mal fonctionner.

Pour faire très simple :

En faite c'est surtout du à la bibliothèques de développement graphique, gnome et unity (je crois) utilise GTK, tandis que kde utilise qt. Si tu installe par exemple ktorrent sur unity, cela va passer, mais il t'installera également la bibliothèque qt. Qui "alourdera" un peu le disque. Il vaut mieux utilisé les soft fait pour son environnement, même si sa marche autrement.