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Introduction à R

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C'est parti! On plonge enfin dans le grand bain et on commence ce cours sur R. Mais avant toute chose, il faut apprendre ce qu'est réellement le langage R et à quoi il peut nous servir. Et, pour commencer à travailler correctement, il nous faudra aussi l'installer. Pas de temps à perdre donc, on y va!

R: qu'est ce que c'est ?

R est un langage de programmation dont le but est de pouvoir traiter et organiser des jeux de données afin de pouvoir y appliquer des tests statistiques plus ou moins complexes et se représenter ces données graphiquement à l'aide d'une grande variétés de graphiques disponibles.

Développé initialement au début des années 1990 par Ross Ihaka et Robert Gentleman, ce langage basé sur un autre langage statistique appelé S (oui, les informaticiens ont beaucoup d'imagination), est désormais maintenu et mis à jour par une équipe de développeurs au sein du R Project. Cette structure garantit des mises à jour fréquentes et une communauté importante d'utilisateurs apporte son aide pour notamment développer de nouvelles fonctionnalités (des librairies, nous en parlerons plus tard) au projet.

Le langage R est en effet très implanté dans la communauté scientifique et universitaire et ses nombreux utilisateurs organisent même des conférences pour discuter des nouveautés disponibles sous R.

Malgré quelques critiques généralement portées, ce langage est très utilisé pour diverses raisons:

  • il permet d'organiser et traiter des volumes importants de données de manière rapide et flexible. Comme il s'agit d'un langage de programmation, vous pouvez (à peu près) en faire tout ce que vous voulez.

  • il permet d'assez facilement créer des graphiques paramétrables afin de pouvoir mieux visualiser le résultat de vos analyses.

  • il est entièrement gratuit et sous licence GPL, ce qui signifie que vous pouvez en télécharger les sources et les modifier. C'est notamment grâce à cela qu'une active communauté peut améliorer le langage en permanence.

  • il est multi-plateforme. Vous pourrez en effet l'utiliser sous Windows, Mac OS ou Linux.

R est un langage de programmation mais son utilisation est fortement orientée vers les analyses de données et statistiques. Ainsi, si vous souhaitez créer des jeux vidéos, un lecteur vidéo ou MP3 ou tout autre style d'application utilitaire vous faites certainement fausse route.

Concrètement ça fait quoi ?

Afin d'illustrer un peu mes précédents propos je vous propose de rapidement voir quelques exemples des capacités de R.

Voici un aperçu de graphiques que vous serez capables de faire après avoir lu quelques chapitres:

Graphiques

Des jolis graphiques pleins de couleurs et assez faciles à réaliser

Avec les données adéquates, vous pourrez même faire des graphes aussi poussés que celui ci:

Image utilisateur

Un graphe de topographie

Mais, évidemment, pour y arriver, il faudra taper quelques lignes de code. Voici un exemple de ce qui vous attend:

CodeR

Un exemple de code en R

Ca peut paraitre assez complexe ainsi, surtout si vous êtes novices en programmation mais, rassurez vous, dans quelques chapitres vous serez capables de comprendre et reproduire ces extraits de code ou ces graphiques. Pas de temps à perdre donc, installons R!

Installer R

R est disponible sous différente plateformes: Windows, Mac OS et Linux. Il faudra donc adapter l'installation au type de machine que vous avez.

Rendez vous sur cette page (page en anglais) pour sélectionner un des miroirs de téléchargement.

Installation sous Windows

Une fois votre miroir choisi, cliquez sur le lien Windows puis sur le lien base. En haut de page apparait alors un lien "Download R for Windows", cliquez dessus pour le télécharger.
Une fois le téléchargement fini, lancer le programme d'installation et suivez les instructions données par les différentes boites de dialogue vous permettant, par exemple, de choisir la langue du protocole d'installation ou le dossier dans lequel sera installé R.
Il vous est alors demandé de choisir le type d'installation. L'installation complète ne demande qu'une soixantaine de Mo d'espace, il est donc conseillé de la séelectionner comme illustré ci dessous.

Image utilisateur

Choix du type d'installation de R.

Si vous disposez de très peu d'espace sur votre machine, vous pouvez vous contenter de l'option par défaut. L'installation minimale est quant à elle peu recommandée dans la mesure où elle n'installe pas certains fichiers d'aide. Enfin, si vous pensez comprendre tous les éléments indiqués dans la liste, vous pouvez essayer d'effectuer une installation personnalisée mais cette fonctionnalité est plutôt réservée aux utilisateurs avancés.

Une fois cette étape réalisée, continuer à suivre les indications des boites de dialogue en gardant les options par défaut. Après quelques clics vous aurez installé R, félicitations. :)

Installation sous Ubuntu

Sous Ubuntu ou autre distribution dérivée de Debian vous pouvez trouver R via apt-get ou synaptic. Le paquet s'appelle r-base et vous pouvez donc l'installer en lançant la ligne de commande suivante.

sudo apt-get install r-base

Si vous disposez d'un autre type de distribution ou que vous souhaitez compiler directement les sources, choisissez le lien Linux sur la page de téléchargement du miroir que vous aurez choisi et sélectionnez le dossier correspondant à votre distribution pour télécharger les sources. Les instuctions d'installation se trouvent alors dans un fichier d'aide présent dans le dossier téléchargé.

Installation sous Mac OS X

Sur la page de téléchargement, choisissez le lien Mac OS X et dans la section Files cliquez sur le premier lien proposé (du type R-x.xx.x.pkg où x.xx.x représente le numéro de version).
Lancez alors le fichier téléchargé en prenant soin de vérifier que votre compte dispose des droits nécessaires. Suivez les instructions données par les boites de dialogue. Vous n'aurez normalement pas à changer d'options et pouvez donc valider chaque étape.
Votre mot de passe vous sera demandé lors de l'installation, rassurez vous c'est normal, cela sert seulement à vérifier que vous avez les droits d'installer des logiciels sur la machine.
Après quelques secondes ou minutes d'attente, R sera installé.

Voilà, vous en savez maintenant plus sur le langage R et l'avez même installé sur votre machine. On va donc pouvoir commencer à s'amuser et prendre le programme en main.

Exemple de certificat de réussite
Exemple de certificat de réussite