Bonjour,
j'ai un petit soucis concernant un aligenement pour calculer la distance entre deux séquences , en fait je voulais savoir si il y a un programme biopython qui calcule une distance entre chaque paire de séquences et de produire un fichier contenant une matrice sous format phylip.
Car j'ai trouvé clustalw mais le problème de clustalw c'est l'alignement, il m'aligneb mes séquences mais ne m'aligne pas correctementy mes séquences.
Merci

Bonjour,
je n'ai strictement rien compris à ton sujet, et je pense qu'à moins qu'un crack de la bio qui fait du Python passe par là tu auras plus de chances de trouver une réponse sur google.

En revanche, si tu prenais la peine de nous expliquer plus précisément ton problème, peut-être qu'on pourrait y comprendre quelque-chose et éventuellement t'aider.

lol je sais j'explique trés mal, en fait je dois reproduire un pseudo programme phylip.
Donc pour la première partie je dois faire alignement qui calcule la distance entre deux séquences, à le but etant de calculer une distance entre chaque paire de séquences et de produire un fichier contenant une matrice au format phylip: 7
C1 0.0000 0.0549 0.0703 0.2196 0.1673 0.0549 0.0701
C2 0.0549 0.0000 0.0286 0.2206 0.1742 0.0435 0.0507
C3 0.0703 0.0286 0.0000 0.2072 0.1834 0.0511 0.0508
C4 0.2196 0.2206 0.2072 0.0000 0.2498 0.1986 0.1975
C5 0.1673 0.1742 0.1834 0.2498 0.0000 0.1621 0.1656
C6 0.0549 0.0435 0.0511 0.1986 0.1621 0.0000 0.0587
C7 0.0701 0.0507 0.0508 0.1975 0.1656 0.0587 0.0000


comme celle là, j'ai pour cela un fichier de plusieurs séquences au format fasta
moi je voulais calculer les distances par une méthode toute simple en faisant distance = nbre de difference(base)/longueur de la séquence.

Mais le soucis c'est trouver le bon alignement, or je suis en master bioinformatique on m'a appris qu'on pouvait uiliser biopython pour faire des alignements j'ai lu la doc de clustalw mais ça me fait un alignement global qui n'est pas bon et j'ai pas de score en sorti de fichier.

Je pense qu'il doit avoir une fonction beaucoup plus simple en biopython qui doit calculer ou faire un aligenement entre chaque pair de sequence et non un alignement global.

J'esper qu'un biologiste ou bien ça serait mieux si un bioinformaticien passe par là, s'il peut m'aider
merci.

Alors j'ai compris pour le coup des distances et de la matrice :
la matrice en question est une matrice de distance, raison pour laquelle elle est symétrique (et tu comptes bosser avec une distance assez simple bornée entre 0 et 1), ce qui en soi, se code plutôt facilement... À condition que les séquences à comparer soient bien alignées, et pour ça tu cherches à utiliser un module de biopython qui ferait le boulot.

Pour le reste, n'ayant jamais utilisé ClustalW ou ClustalX, je saurais pas du tout t'aider, mais au moins ton problème est maintenant clairement posé (même pour un non-biologiste ça reste compréhensible)...

Edit : je crois que j'ai trouvé. En lisant la doc de biopython, ils parlent d'autres outils d'alignement, comme MUSCLE et surtout EMBOSS, qui contient des outils d'alignement "global" (alignement de Needleman-Wunsh) et "local" (alignement de Smith-Waterman). C'est peut-être ça que tu cherches ?

Héhé on dirait ke k.mamoud fait de la génétique et qu'il essaie de calculer des distance génétiques entres des séquences d'adn!

EMBOSS est une bonne piste en effet, simple à installer en plus.
Il y a même une interface graphique Jemboss.

Merci beaucoup pour vos réponses je vais essayer avec emboss et je vous tiens au courant

Citation : k.mamoud

on m'a appris qu'on pouvait uiliser biopython pour faire des alignements [...] Je pense qu'il doit avoir une fonction beaucoup plus simple en biopython qui doit calculer ou faire un aligenement

À ma connaissance, non, pas directement. BioPython offre tout le nécessaire pour manipuler des alignements, mais pas pour les calculer.

En revanche, BioPython dispose de wrappers, des modules permettant de faciliter l’appel à des programmes d’alignement externes (BLAST, ClustalW, MUSCLE, les outils EMBOSS — dont water, l’outil d’alignement local qui semble correspondre à ce que tu cherches, comme déjà mentionné ci-dessus) et d’en récupérer automatiquement la sortie. Regarde les différents modules disponibles dans Bio.Align.Applications et Bio.Emboss.Applications.

Il est donc possible de réaliser les alignements depuis un code Python, mais BioPython seul ne suffit pas, les programmes d’alignements doivent être disponibles sur la machine.

Bonsoir voila je dois transformer une partie du code python en cgi-python pour qu'il soit exportable en ligne. Le souci c'est que j'ai utilisé bipoython:

tree = Phylo.read('example.dnd', 'newick')
Phylo.draw_ascii(tree)

le souci c'est que ca m'affiche bien sur le terminal mais sur html ca marche pas , avez-vous une idéé de convertir cette image ou bien de pouvoir l'ecrir dans un fichier et par la suite le telecharger.

Merci