xmodmap est une commande qui agit sur l'environnement graphique, il ne faut donc pas la lancer avant que le serveur X soit démarré.
selon l'environnement graphique que tu utilises, il y a différents moyens pour exécuter ces commandes lors du démarrage de l'interface graphique : un menu "programmes au démarrage" (ou un truc du genre), ou autostart (là encore ça dépend du WM utilisé).
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Sinon, spécifiquement à xmodmap, tu peux créer le fichier .Xmodmap dans ton home et il sera lu automatiquement à l'ouverture de session. Cela corrige aussi les débranchements/branchements de périphérique qui reset la conf.
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