C'est pas si compliqué : "espèce" c'est un terme très général qui désigne un ensemble "d'objets" identiques. C'est objets peuvent être des atomes, des ions monoatomiques (Cl-), des ions polyatomiques (ClO-), des molécules... C'est un peu un fourre-tout en fait.
"élément" par contre c'est plus précis, un élément c'est l'ensemble des atomes qui ont le même nombre de protons, par exemple 6. Tout les atomes qui ont exactement 6 protons dans leur noyaux, ont leur donne le même nom et le même symbole, en l’occurrence 6 c'est le carbone C. Maintenant, il peut exister des atomes qui ont 6 protons et 6 neutrons, mais aussi 6 protons et 8 neutrons par exemple, mais ça reste du carbone, en l’occurrence \(^{12}_6C\) et \(^{14}_6C\) (le fameux carbone 14). Ou alors, un même élément peut avoir un nombre d’électrons différent en fonction de son environnement, \(Cl^-\) ça reste toujours du chlore.
Donc en solution aqueuse par exemple : \(Cl_{2(aq)}\) et \(Cl^-_{(aq)}\) sont deux espèces différentes mais sont composés du même élément : le chlore \(_{17}Cl\)
Le Tout est souvent plus grand que la somme de ses parties.