Tout a été fait sauf en partie "2.2 HDF5 External Library Dependencies" avec Szip où pour moi, il n'y a rien à faire de particulier. Et j'ai vérifié que Zlib était bien installé.
Lorsque je fais l'étape 5 "5. Make and Make Check" j'obtiens des erreurs sur le make et le make check (la même erreur):
$ make
Making all in src
make[1]: Entering directory '/home/Florian Chavagnat/hdf5-1.8.18_UNIX/src'
make all-am
make[2]: Entering directory '/home/Florian Chavagnat/hdf5-1.8.18_UNIX/src'
LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH`echo | \
sed -e 's/-L/:/g' -e 's/ //g'`" \
./H5make_libsettings.exe > H5lib_settings.c || \
(test $HDF5_Make_Ignore && echo "*** Error ignored") || \
(rm -f H5lib_settings.c ; exit 1)
CC H5lib_settings.lo
H5lib_settings.c:34:6: warning: size of ‘H5libhdf5_settings’ is 3285 bytes [-Wlarger-than=]
char H5libhdf5_settings[]=
^
CCLD libhdf5.la
make[2]: Leaving directory '/home/Florian Chavagnat/hdf5-1.8.18_UNIX/src'
make[1]: Leaving directory '/home/Florian Chavagnat/hdf5-1.8.18_UNIX/src'
Making all in test
make[1]: Entering directory '/home/Florian Chavagnat/hdf5-1.8.18_UNIX/test'
CCLD libdynlib4.la
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x2e): undefined reference to `H5get_libversion'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x5e): undefined reference to `H5open'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x64): undefined reference to `H5E_CALLBACK_g'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x69): undefined reference to `H5open'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x6f): undefined reference to `H5E_PLUGIN_g'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x74): undefined reference to `H5open'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x79): undefined reference to `H5E_ERR_CLS_g'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xb1): undefined reference to `H5Epush2'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xe2): undefined reference to `H5open'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xe8): undefined reference to `H5E_CALLBACK_g'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xed): undefined reference to `H5open'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xf3): undefined reference to `H5E_PLUGIN_g'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xf8): undefined reference to `H5open'
.libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xfd): undefined reference to `H5E_ERR_CLS_g'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [Makefile:1265: libdynlib4.la] Error 1
make[1]: Leaving directory '/home/Florian Chavagnat/hdf5-1.8.18_UNIX/test'
make: *** [Makefile:586: all-recursive] Error 1
Je n'ai pas réussi à trouver de piste pour résoudre le problème pour l'instant.
Si quelqu'un a des pistes, ou a besoin de faire des tests, n'hésiter pas.
J'ai les même erreur sur cygwin x86 (sous windows7 x64) et hdf-1.8.18 (Distributions containing Unix line endings: hdf5-1.8.18.tar). Installation seulement de
gcc (6.3.0-1): gcc4-core : C compiler gcc4-g++ : C++ compiler gcc4-fortran : fortran compiler
et leurs dépendances
make (4.2.1-1): The GNU version of the 'make' utility et ses dépendances
make check > makecheck.txt .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x33): undefined reference to `H5get_libversion' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x6d): undefined reference to `H5open' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x73): undefined reference to `H5E_CALLBACK_g' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x78): undefined reference to `H5open' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x7e): undefined reference to `H5E_PLUGIN_g' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x83): undefined reference to `H5open' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x98): undefined reference to `H5E_ERR_CLS_g' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xc0): undefined reference to `H5Epush2' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xd2): undefined reference to `H5open' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xd8): undefined reference to `H5E_CALLBACK_g' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xdd): undefined reference to `H5open' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xe3): undefined reference to `H5E_PLUGIN_g' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xe8): undefined reference to `H5open' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0xfd): undefined reference to `H5E_ERR_CLS_g' .libs/dynlib4.o:dynlib4.c:(.text+0x125): undefined reference to `H5Epush2' collect2: error: ld returned 1 exit status make[1]: *** [Makefile:1265: libdynlib4.la] Error 1 make: *** [Makefile:586: check-recursive] Error 1
Merci pour votre aide,
Jean
- Edité par JeanDaraspe1 23 février 2017 à 14:29:23
[Error] make hdf5 library avec Cygwin x86
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