Bonjour à tous,

Je suis retraité, astronome amateur fortement intéressé par le traitement d’image et en particulier par la déconvolution d’images. Il y a un logiciel scientifique universitaire open source nommé AIDA adaptative déconvolution que je voudrait bien pouvoir utiliser.

Voir sa description dans le lien suivant :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3166524/

Cependant j’ai un gros problème d’installation et mes compétences en python comme en anglais sont très très réduites et les infos glanées ici et là ne sont pas claires à mes yeux.

Le lien github de téléchargement du soft est là :
https://github.com/erikhom/aida
Tout est dans le dossier aida-master.zip à décompresser.

Sur le plan pratique la solution est certainement d’utiliser un espace virtuel avec l’environnement ad-hoc.
J’ai donc télécharger et décompresser aida-master placé dans C:\Users\Ordi et installer Anaconda 3 sur mon post Windows7 édition familiale.
Dans Anaconda Navigator j’ai créé un nouvel environnement avec Python 3,6 et les 9 librairies (numpy, pillow, astropy, scipy, r-fftw, cython, pip, libgcc, matplotlib) préconisées par le fichier AIDA User Manual.pdf.

Après avec Spyder 4.1.3 je lance (run) AIDA_app.py du dossier C:\Users\Ordi\aida-master et effectivement la fenêtre AIDA (avec sa plume) s’ouvre.

Cependant dans Spyder le message d’erreur apparaît : ** pyFFTW cannot be loaded/found **

Donc malgré la librairie r-fftw AIDA ne fonctionne pas correctement.
On constate aussi que dans le dossier aida-master il y a un dossier pyFFTW qui semble non utilisé.

De plus dans le lien de la description du soft chapitre 3.A Implementation Strategy\ Algorithmic Overview, il est bien préciser qu’AIDA doit utiliser une bibliothèque de transformée de Fourier spécifique plus rapide FFTW (version 2.1.5).

Autre précision, dans le dossier aida-master, il y a un fichier invironment.yml qui correspond à une importation de l’environnement semble-t-il ad-hoc. Mais ce fichier ne semble pas importable dans Anaconda Navigator. Du moins je n’ai pas réussi.

Petite info complémentaire, pour un test il faut des fichiers image et psf de même taille puissance de 2 (256x256, 512x512, …) et le fichier psf doit avoir ses intensités calibrées entre 0 et 1 (et non 0-255 par exemple comme un .jpg). De plus les fichiers doivent être des fichier.fits

Alors, je sollicite votre aide …
Cela passe peut-être par une installation virtuelle via Anaconda sur un post et test, ou peut-être par une autre solution d'espace virtuel avec le bon environnement.

Merci d’avance
Jean-Pierre

Salut,

Pour info j'ai essayé d'installer AIDA avec Anaconda, je suis même pas arrivé à installer les dépendances (à la main en LC ou avec le environment.yml). Essaie avec Virtualenv à la limite...

FerdLass pour reprendre ton propos :"Pour info j'ai essayé d'installer AIDA avec Anaconda, je suis même pas arrivé à installer les dépendances (à la main en LC ou avec le environment.yml)".

"à la main" je sais répondre, dans Environments d'Anaconda Navigator, il suffit d'afficher All et rechercher la bibliothèque voulue et de la cliquer (par exemple r-fftw) et l'activée avec le bouton vert en bas à droite

ppour environment.yml là je ne sais pas faire.

"Essaie avec Virtualenv à la limite..." là comment faire ?

Virtualenv est un autre système de virtualisation pour Python. En gros tu crées un env virtuel, tu l'actives et après tu utilises pip pour installer les dépendances que tu veux.

https://docs.python-guide.org/dev/virtualenvs/

Mais si c'est AIDA qui a un pète au casque...

"Mais si c'est AIDA qui a un pète au casque..."     oui c'est possible FredLass ...

Bon cela fait plus d'une semaine que je me bat avec Virtualenv, mais mes compétences limitées me conduisent à rien.

Dans la version antérieur du site il y a la version AIDA_1.3.tgz autonome fonctionnant sur python

Pourrais-tu la tester STP ?

https://github.com/erikhom/aida/tree/AIDA_Legacy

Franchement le mieux je crois que ce serait de poser la question (ou d'ouvrir un ticket) sur le github de AIDA directement.

En plus c'est probablement un problème de leur côté.