Et oui ... le point virgule avant le WHERE fait qu'il y a deux requêtes distinctes exécutées, la deuxième retourne une erreur, et la première est exécutée sans la clause WHERE.
Je répète les conseils de Julp, travailler avec des transactions et ne faire le COMMIT qu'après avoir vérifié le résultat, ou au pire faire un dump avant ce genre d'opération.
De manière générale toutes les requête INSERT, DELETE, UPDATE présente ce risque ... à méditer pour la prochaine fois ...
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julp.fr ~ PHP < 8.0.0 : activer les erreurs PDO/SQL ~ PHP < 8.1.0 : activer les erreurs mysqli