Bonjour,

Après de nombreuses recherches et essais, je me retourne vers vous.

Je souhaiterai supprimer les ligne de mon fichier qui contiennent le caractère . dans la colonne 3.

Voici à quoi ressemble mon fichier :

1    899634    rs114053887    C    T    .    .    BIOMART_COORDS=1:899634:899634 0/1:T=6,C=21:0:27:heterozygous    0/0:C=46:0:46:homozygous   
1    900285    rs4970435    C    T    .    .    BIOMART_COORDS=1:900285:9002851/1:T=22:0:22:homozygous    1/1:T=3:3:3:homozygous  
1    900382    .    C    .    .    .    BIOMART_COORDS=1:900382:900382;GENE=ENSG00000187961 0/0:C=76:0:76:homozygous    0/0:C=81:0:81:homozygous    0/0:C=63:0:63:homozygous    0/0:C=56:0:56:homozygous    0/0:C=91:0:91:homozygous
1    900286    rs4970434    A    G    .    .    BIOMART_COORDS=1:900286:900286 1/1:G=49:0:49:homozygous    0/1:A=7,G=22:0:29:heterozygous    1/1:G=22:0:22:homozygous    1/1:G=3:3:3:homozygous    1/1:G=24:0:24:homozygous    

Ainsi, si la ligne contient dans la troisième colonne un rs, on ne touche à rien mais si la ligne contient un . dans la troisième colonne, alors on la supprime pour au final avoir un fichier de la forme :

1    899634    rs114053887    C    T    .    .    BIOMART_COORDS=1:899634:899634 0/1:T=6,C=21:0:27:heterozygous    0/0:C=46:0:46:homozygous   
1    900285    rs4970435    C    T    .    .    BIOMART_COORDS=1:900285:9002851/1:T=22:0:22:homozygous    1/1:T=3:3:3:homozygous  
1    900286    rs4970434    A    G    .    .    BIOMART_COORDS=1:900286:900286 1/1:G=49:0:49:homozygous    0/1:A=7,G=22:0:29:heterozygous    1/1:G=22:0:22:homozygous    1/1:G=3:3:3:homozygous    1/1:G=24:0:24:homozygous  

Donc au final je souhaite supprimer toutes les lignes avec . dans la troisième colonne.

voilà ce que j'ai entre autre essayé ;:

while read line
do
	echo -e "$line"
	a=$(awk -F \t '$3 ~ /\./' GQPDOMB_verifie.vcf | awk '{print $3}')		
	
	if test -n "$a"				
	then 
		sed '$a d' GQPDOMB_verifie.vcf
		echo "ok "
	fi
done < GQPDOMB_verifie.vcf

Merci d'avance

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Edité par Amandine Lecerf Defer 2 mai 2019 à 13:43:01

regarde sed ça devrait carremernt te plaire

Bonjour,

Je propose ça :

#!/bin/bash

#sed -i -e 's/\r$//' essai.sh

while read line
do
    echo -e "$line"
	a=$(grep "\." $3 $line | awk '{print $3}')
	
    if test -n "$a"            
    then
        sed '$line d' GQPDOMB_verifie.vcf
        #echo "ok "
    fi
done < GQPDOMB_verifie.vcf

Mais ça ne marche pas

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Edité par Amandine Lecerf Defer 2 mai 2019 à 15:49:00

sed -i -r '/^[0-9]+\s+[0-9]+\s+\./d' file

 oucelle-ci :

sed -i -r '/^([0-9]+\s+){2}\./d' file

-
Edité par ox223252 2 mai 2019 à 16:28:22

#!/bin/bash
NEW_FILE=/tmp/new_file.txt

>$NEW_FILE

while read line
do
    THIRDF=$(echo $line |awk '{print $3}')

    if [[ $THIRDF != "." ]]
    then
        echo "$line" >> $NEW_FILE

    fi
done < GQPDOMB_verifie.vcf

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Edité par Olivier1236 2 mai 2019 à 16:25:14

Malheureusement, aucune des deux commandes ne marche

ox223252 a écrit:

essais cette ligne là : 

sed -i -r '/^[0-9]+\s+[0-9]+\s+\./d' file

 oucelle-ci :

sed -i -r '/^([0-9]+\s+){2}\./d' file

-
Edité par ox223252 il y a 28 minutes

Malheureusement cela ne marche pas non plus car il ne prends en compte que l'en tête de mon fichier qui ne me sert pas

Olivier1236 a écrit:

Bonjour

Vite fais:

#!/bin/bash
NEW_FILE=/tmp/new_file.txt

>$NEW_FILE

while read line
do
    THIRDF=$(echo $line |awk '{print $3}')

    if [[ $THIRDF != "." ]]
    then
        echo "$line" >> $NEW_FILE

    fi
done < GQPDOMB_verifie.vcf

Olivier

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Edité par Olivier1236 il y a 31 minutes

EDIT :

avec les ligne suivantes, j'ai réussi à récupérer les ligne qui correspondent à ma condition mais je n'arrive pas à les supprimer par la suite :

cat GQPDOMB_verifie.vcf | cut -d$'\t' -f3 | grep -n "\." >nb_ligne.txt

Supprimer les ligne de 1 à 63 :

sed '1,63d' nb_ligne.txt >nb_ligne_sans_entete.txt

Récupérer le premier champ avec : pour délimiteur

cut -d ":" -f 1 nb_ligne_sans_entete.txt >ligne.txt

Ensuite je pense qu'il faudrait un script comme celui qui suit mais il ne fait pas ce que je veux :

while read line

do

sed -n "$line p" GQPDOMB_verifie.vcf

done < ligne.txt

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Edité par Amandine Lecerf Defer 2 mai 2019 à 17:46:58

Bonjour,

Il serait bon de donner un échantillon représentatif de tout le fichier (on peut pas deviner l'en-tête du fichier).

Cela étant dit, l'idée de @0x223252 est bonne.

Je pense que celle-ci devrait fonctionner (regex quasi équivalente):

sed -n -r '64, /^([[:alnum:]]+[[:blank:]]+){2}\./p' file

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Edité par KoaTao 2 mai 2019 à 19:46:11

salut,

qui dit colonnes, dit awk

awk '$3!="."' fichier

c'est tout.