Bonjour, je dois préparer la première étape de mon ECE. 

Nous n'avons pas fait le cours sur les transferts horizontaux en cours. Néanmoins, j'ai quand même regardé dans le livre.

Comment dois-je m'y prendre ?

Pouvez-vous m'aider à comprendre le sujet.

Cordialement.

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Edité par GL98 4 octobre 2015 à 13:31:41

Coucou,

première question c'est quoi une ECE ? (pour situer ton niveau). Et indépendamment de la démarche expérimentale, es-tu capable d'expliquer ce qu'il faut mettre en évidence, et en quoi ensuite ces souches de levures peuvent être intéressantes ?

Veuillez m'excuser, je n'ai pas précisé. Je suis en terminale S. 

(ECE : Evaluation des compétences expérimentales)

Ce qu'il faut mettre en evidence c'est le transfert horizontal de gènes.

Ce qu'il faut mettre en evidence c'est le transfert horizontal de gènes.

Oui, c'est pas faux. Ça ce sera ton objectif final, on le garde dans un coin de la tête. Mais dans ton énoncé y'a d'autres choses. Qu'est ce qu'on va faire - ou espérer voir se produire en tout cas - pour, quelle est la démarche expérimentale... En quoi toutes ces infos sur les levures sont-elles pertinentes ? Es-tu capable de dire des choses là-dessus ?

L'ade2 conduit à l'inactivation d'une enzyme impliquée dans la biosynthèse de l'adénine et présente l’intérêt d'être visible à l'œil nu (rouge)

Les souches sans adénine disposent d'une chaîne de biosynthèse qui, à partir d'un précurseur, le PRPP conduit à l'AMP.

Lorsque la levure possède la mutation ade2, l'interruption de la chaîne de biosynthèse a pour conséquences que l'AIR n'est plus transformé en CAIR.

"Proposer une démarche d'investigation" signifie faire un protocole, c'est bien ça ?

"Proposer une démarche d'investigation" signifie faire un protocole, c'est bien ça ?

C'est un peu plus que ça ; le protocole n'est juste que la série de manipulations à réaliser pour obtenir le résultat. Ce qu'ils attendent de toi, c'est à la fois ça et la justification de pourquoi on le fait, pourquoi ça permettrait de répondre à la question.

Tout le reste n'est pas faux - il faut aussi se servir de cette info pour l'interprétation des résultats ; mais ça ne répond toujours pas à la question ( c'est marqué dans le protocole, faut juste trouver l'information) : qu'est-ce qu'il va se passer ? En quoi ces souches mutantes et de disposer d'un ADN sain avec ade2 fonctionnel va être utile ensuite ?

D'accord merci.

Le but est de provoquer des mutations chez l'une de ces souches. Certaines de ces mutations se traduiront par un retour à la couleur habituelle des colonies.

Dois-je faire le protocole ?

Le but est de provoquer des mutations chez l'une de ces souches. Certaines de ces mutations se traduiront par un retour à la couleur habituelle des colonies.

Non, tu n'as pas compris le but. Les souches mutées ne vont pas redevenir saines par mutation, d'une part parce que c'est hautement improbable que la mutation touche ce qu'il faut et correctement, enfin que ça ne permettrait pas de conclure sur l'objectif - d'une certaine façonn ça sera le contraire de ce que tu veux montrer !

Pour que tu y voies un peu plus clair, le transsfert horizontal de gènes est une notion de génétique qui concerne la façon dont tu as obtenu tes gènes. Un transfert vertical désigne les gènes que tu reçois de tes parents ; les gènes issus verticalement sur un arbre généalogique quoi. Le transfert horizontal est un transfert de gènes entre individus après la « naissance ». Le meilleur exemple est ce qui se passe chez des Bactéries qui se passent très facilement des gènes entre elles. C'est le concept de transfert horizontal - entre individus d'ne même génération, en gros.

Maintenant, relis ton sujet pour comprendre la notion-clef, quel phénomène veut-on observer ?

Quel phénomène veut-on observer ?

On veut savoir si une souche de levure est capable d'incorporer de l'ADN libre dans son milieu.

Voilà. Maintenant tu peux passer à l'étape protocole + explications.

Protocole :

-Prélever stérilement la levure possédant la mutation du gène Ade2 puis

-la mettre dans une boite de pétri contenant un milieu de culture minimum favorable au développement des souches de levures sauvages ainsi que dans une boite de pétri contenant un milieu de culture riche favorable au développement des levures Ade2.

J'en ai aucune idée ! Je ne vois pas comment on peut faire un protocole à partir des informations qu'on nous donne...

Pour commencer tu pourrais penser à l'étape d'injection de l'ADN. Comment faire pour que l'ADN puisse rentrer dans la cellule ? Ensuite, comment faire pour montrer qu'il est effectivement rentré ?

De toute façon je ne te donnerai pas la réponse toute cuite. Donc on va changer l'approche : supposons que la levure ait réccupérée l'ADN : comment peut-on trier les levures qui l'ont fait parmi celles qui ne l'ont pas fait et ainsi prouver qu'elles ont l'ADN récupéré l'ADN sain ?

Enfin seulement après il restera à se pencher sur le matériel à utiliser et les cultures à faire pour qu'on dispose effectivement de ces levures.

Alors toujours préciser de qui on parle : séparer qui ? Aura-t-on réellement des différences de couleurs et si oui dans quel contexte ; comment et pourquoi la couleur apparaît-elle ? C'est dans le texte ; ne te laisse pas effrayer par le baratin ! Il ne manque plus qu'à connecter les bouts les uns aux autres.

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Edité par Anonyme 4 octobre 2015 à 17:52:04

Donc,

On veut savoir si une souche de levure est capable d'incorporer de l'ADN libre dans son milieu.
Pour cela, il faut incorporer le gène Ade2 dans la souche de levure. Cette mutation du gène Ade2, peut avoir deux effets. Ainsi, on pourra différencier les souches qui portent la mutation du gène Ade2 après croissance sur boite de Pétri.

Est-ce correct ?

Cordialement.

Pour cela, il faut incorporer le gène Ade2 dans la souche de levure.

Ce n'est pas "il faut". C'est ce qu'on veut savoir si c'est possible ou pas.

Cette mutation du gène Ade2, peut avoir deux effets.

Quelle mutation ? Qui est muté, qui est sain ?

on pourra différencier les souches qui portent la mutation du gène Ade2

Les souches dont tu disposes ont toutes la mutation Ade2. Tu veux savoir si tu as pu sauver le phénotype ade2.

La mutation est déjà faite sur tes souches. Tu ne vas pas chercher à en faire une autre ; tu veux savoir si des souches ont pu réincorporer l'ADN sain. Si elle récupère cet ADN, que va-t-il se passer ?

 Si elle récupère cet ADN, que va-t-il se passer ?

La souche ne sera pas capable de synthétiser... non ?

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Edité par GL98 5 octobre 2015 à 20:56:41

N'essaie pas des phrases au hasard, ça ne marche pas trop. Plutôt que d'essayer de dire des choses un peu au pif, reprends ton raisonnement de façon logique en partant du début. Quel matériel as-tu à ta disposition ? La levure, son phénotype quand tu la mets seule dans son milieu de culture riche, que se passe-t-il ? Idem, si on la met sur milieu minimum ?

La levure qui aurait éventuellement incorporé l'ADN : dans les deux cas, que se passe-t-il et pourquoi ? Le gène a été incorporé donc ... donc ... donc ... Sinon tu ne t'en sortiras pas.

Mais le problème c'est que je reprends le sujet à chaque fois, mais je ne comprends pas ! 

GUERINLaura a écrit:

L'ade2 conduit à l'inactivation d'une enzyme impliquée dans la biosynthèse de l'adénine et présente l’intérêt d'être visible à l'œil nu (rouge)

Les souches sans adénine disposent d'une chaîne de biosynthèse qui, à partir d'un précurseur, le PRPP conduit à l'AMP.

Lorsque la levure possède la mutation ade2, l'interruption de la chaîne de biosynthèse a pour conséquences que l'AIR n'est plus transformé en CAIR.

Est-ce qu'il faut le dire ce que j'avais dit au début ?

Quel matériel as-tu à ta disposition ?

 
-une souche de levure pour la mutation du gène Ade2 (de phénotype rouge)

-des boites de pétri contenant un milieu de culture minimum favorable au développement des souches de levures sauvages

-des boites de pétri contenant un milieu riche favorable au développement des levures Ade2

-...

 La levure, son phénotype quand tu la mets seule dans son milieu de culture riche, que se passe-t-il ? Idem, si on la met sur milieu minimum ?

La levure qui aurait éventuellement incorporé l'ADN : dans les deux cas, que se passe-t-il et pourquoi ? Le gène a été incorporé donc ... donc ... donc ... Sinon tu ne t'en sortiras pas.

SI je te dis tout ça c'est que tu me dis exactement le contraire de ce qu'il va se passer. L'ADN qu'on lui donne est l'ADN sain, si elle l'ingère elle va au contraire être capable de synthétiser l'adénine. Si elle n'a pas cette adénine elle ne peut pas pousser sur milieu minimum. Si elle pousse sur milieu riche sans avoir récupéré cet ADN elle va acquérir la couleur rouge caractéristique de l'accumulation de l'intermédiaire de la réaction de formation. Comprends-tu pourquoi ?

Si maintenant elle récupère l'ADN sain, que va-t-il se passer ?

Donc,

L'ADN qu'on donne à la souche est sain -> elle est capable de synthétiser l'adénine.

Si elle n'a pas cette adénine - > sur milieu minimum, elle ne peut pas pousser.

                                                         - > sur un milieu riche, elle peut pousser mais va acquérir la couleur rouge.

Donc la souche de levure est capable d'incorporer de l'ADN libre dans un milieu seulement si on lui apporte l'adénine et en la faisant pousser sur un milieu riche.

Ce travail est à rendre pour demain, j'espère avoir compris !

Est-ce cela ?

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Edité par GL98 8 octobre 2015 à 16:06:46

Donc la souche de levure est capable d'incorporer de l'ADN libre dans un milieu seulement si on lui apporte l'adénine et en la faisant pousser sur un milieu riche.

Y'a de ça, c'est surtout que si tu lui donnes pas du milieu riche elle va pas pousser donc tu vas fortement limiter ses capacités d'explorer l'espace et de récupérer l'ADN. On a la première étape. Ensuite, tu fais comment pour me prouver qu'elle a intégrer l'ADN ?

Donc pour la première étape je dis :

Donc,

L'ADN qu'on donne à la souche est sain -> elle est capable de synthétiser l'adénine.

Si elle n'a pas cette adénine - > sur milieu minimum, elle ne peut pas pousser.

                                                         - > sur un milieu riche, elle peut pousser mais va acquérir la couleur rouge.

Donc la souche de levure est capable d'incorporer de l'ADN libre dans un milieu seulement si on lui apporte l'adénine et en la faisant pousser sur un milieu riche, sinon elle ne va pas pousser. Cela va fortement limiter ses capacités d'explorer l'espace et de récupérer l'ADN.

Est-ce correct ?

Goeland-croquant a écrit:

Ensuite, tu fais comment pour me prouver qu'elle a intégrer l'ADN ?

J'ai regardé dans le livre, le cours. Il parle d'arbre phylogénétique pour faire les relations de parenté (à mon avis il ne faut pas utiliser ça ici...)

Sinon utiliser Anagène pour comparer les séquences, mais ce logiciel n'est pas évoqué dans le "matériel envisageable".

Donc la souche de levure est capable d'incorporer de l'ADN libre dans un milieu seulement si on lui apporte l'adénine et en la faisant pousser sur un milieu riche, sinon elle ne va pas pousser. Cela va fortement limiter ses capacités d'explorer l'espace et de récupérer l'ADN.

Est-ce correct ?

À formuler différemment, je te disais ça pour que tu comprennes l'idée, sinon c'est moyennement rigoureux même si encore une fois l'idée est là.

J'ai regardé dans le livre, le cours. Il parle d'arbre phylogénétique pour faire les relations de parenté (à mon avis il ne faut pas utiliser ça ici...)

Sinon utiliser Anagène pour comparer les séquences, mais ce logiciel n'est pas évoqué dans le "matériel envisageable".

Tu n'as absolument pas besoin de tout ça. Notre discussion plus haut contient toutes les infos pour mettre au point un crible de sélection des souches ayant potentiellement récupéré l'ADN. Le matériel est amplement suffisant.

On veut savoir si une souche de levure est capable d'incorporer de l'ADN libre dans son milieu.

L'ADN qu'on donne à la souche est sain -> elle est capable de synthétiser l'adénine.

Si elle n'a pas cette adénine - > sur milieu minimum, elle ne peut pas pousser.

                                                         - > sur un milieu riche, elle peut pousser mais va acquérir la couleur rouge.

(Donc la souche de levure est capable d'incorporer de l'ADN libre dans un milieu seulement si on lui apporte l'adénine et en la faisant pousser sur un milieu riche, sinon elle ne va pas pousser. Cela va fortement limiter ses capacités d'explorer l'espace et de récupérer l'ADN.) Je ne sais pas comment le dire autrement...

Protocole :

*Dans une boite de pétri contenant un milieu  riche, on met en culture une souche de levure possédant un gène Ade2 mutée. Ainsi, la souche de levure pourra pousser et va acquérir la couleur rouge, grâce à l'adénine présent dans le milieu.

*Dans une autre boite de pétri contenant un milieu de culture minimum, on met en culture une souche de levure mutée accompagnée de l'ADN fonctionnel.

Résultats attendus et mise en relation :

-Si on obtient des souches au phénotype rouge, cela signifiera qu'il y a eu de transfert horizontal du gène et l'ADN qu'on a donné à la souche est sain, ainsi, elle a été capable de synthétiser elle même l'adénine.

-Si la souche ne peut pas pousser, cela signifiera qu'il n'y a pas eu de transfert horizontal et donc pas de synthèse.

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Edité par GL98 8 octobre 2015 à 19:56:40

Est-ce que mon protocole et la partie "résultats" sont corrects ?

Cordialement

*Dans une autre boite de pétri contenant un milieu de culture minimum, on met en culture une souche de levure mutée accompagnée de l'ADN fonctionnel.

Qu'est-ce que tu entends par "accompagnée" ?