Une fois les analyses effectuées et les résultats obtenus, il peut être nécessaire de communiquer les résultats à d’autres personnes ou à d’autres logiciels, et donc de devoir "déplacer" vos données vers un autre ordinateur, serveur, etc. Pour cela, le format texte est à nouveau le format d’échange recommandé, mais il est tout à fait possible de sauvegarder le tout dans un format propre à R. Voyons tout cela ensemble !
Exporter dans un fichier externe
Un résultat se présente la plupart du temps sous la forme d’un tableau et nous allons donc exporter celui-ci. L’exportation du tableau est très simple :
write.table(tableau,"monfichier.csv",sep=";",row.names=FALSE)
L’objet tableau est exporté dans le fichier monfichier.csv à l’endroit où R travaille. On peut bien sûr spécifier un chemin particulier. L’exportation ci-dessus permet de contrôler le séparateur de colonne fixé à ; et le nom du fichier monfichier.csv .
Il est possible de contrôler d’autres options comme :
col.names: permet de garder les noms des colonnes dans le format d’exportation. Par
défaut,col.names= TRUE, les noms des colonnes sont donc stockés dans la première ligne.row.names: permet de garder les identifiants de chaque individu dans le fichier exporté. Par défaut,row.names= TRUE.quote: permet de définir si les chaînes de caractères sont délimitées par des guillemets ou non. Par défaut,quote= TRUE.dec: permet de définir le séparateur décimal qui est par défaut à..na: permet de définir la chaîne de caractères qui va remplacer les valeurs manquantes et la chaîne de caractères qui est par défaut à"NA".
Ainsi, pour exporter sans nom de lignes ou de colonnes ni guillemets et avec un séparateur tabulation, nous utilisons :
ozoneR <- ozone[1:4,c("maxO3","T9","vent")]
write.table(ozoneR,"montableau.txt",row.names=F,col.names=F,quote=F,sep='\t')
Exporter des données en .txt , .csv ou autre est la meilleure solution si vous souhaitez pouvoir accéder à ces données avec un autre logiciel/langage d’analyse, comme Python. Cependant, cette solution ne préserve pas la structure des données, comme le type de la colonne ( numeric , character ou factor ). Pour ce faire, les données doivent être exportées dans un format de données R.
Exporter en format RDS
Il est possible de sauvegarder des objets R en utilisant la fonction saveRDS . Créons une liste et sauvegardons-la :
x <- c("a","a","b","c")
X <- matrix(1:8,ncol=4)
y <- c(T,T,T,F,F)
z <- matrix(c("A","B","C","D"),ncol=2)
maliste <- list(comp1=x,comp2=X,comp3=y,element4=z)
maliste
# $comp1
# [1] "a" "a" "b" "c"
#
# $comp2
# [,1] [,2] [,3] [,4]
# [1,] 1 3 5 7
# [2,] 2 4 6 8
#
# $comp3
# [1] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
#
# $element4
# [,1] [,2]
# [1,] "A" "C"
# [2,] "B" "D"
saveRDS(maliste,"maliste.rds")
Ainsi, la liste maliste est maintenant stockée dans un fichier RDS, facilement récupérable via la fonction readRDS :
maliste2 <- readRDS("maliste.rds")
maliste2
# $comp1
# [1] "a" "a" "b" "c"
#
# $comp2
# [,1] [,2] [,3] [,4]
# [1,] 1 3 5 7
# [2,] 2 4 6 8
#
# $comp3
# [1] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
#
# $element4
# [,1] [,2]
# [1,] "A" "C"
# [2,] "B" "D"
En résumé
Vous pouvez exporter vos données/objets en R :
soit via un fichier externe, comme un fichier
.csv, ou un fichier.txt, pour ensuite les réimporter via un autre langage/logiciel d’analyse ;soit via un format propre à R (RDS ou RData) permettant de conserver le format et le type des données/objets.
Dans le prochain chapitre, nous verrons un peu plus en détails comment manipuler plusieurs jeux de données.
