bonjour,
J

Pourquoi tu te borne à ne pas utiliser de base de données ?

J'ai pense aussi mais le souci c'est que je me connais pas trop en base de donne, et ensuite il me faut un fichier de sortie que je dois utiliser par la suite

merci

Utilise le module gadfly. Et franchement, le SQL, c'est pas la mer à boire non plus

>>> Cours de Gérard Swinnen

Voici un programme quelquonque utilisant gadfly :

import gadfly

bdd = gadfly.gadfly("[Nom de la BDD]",'[Repertoire dans lequel se situe la BDD]') # => Cette ligne doit être exécuté si la base existe
# OU
bdd.startup("[Nom de la BDD]",'[Repertoire dans lequel se situe la BDD]') # => Cette ligne ne doit être exécuté que si la base de données n'existe pas, auquel cas la base existante sera écrasé sans avertissement

cur = bdd.cursor()
cur.execute("Requête SQL 1")
cur.execute("Requête SQL 2")
cur.execute("...")
cur.execute("Requête SQL n")
bdd.commit()

bdd.close()

Bien sur, les fonctionalités de gadfly ne s'arrête pas là

Sinon la 1ere ligne se récupère toujours de la même façon et tu peux récupérer tes distances à l'aide de la méthode split.4

with open(fichier) as f:
    print f.readline().split()

Mais en y réfléchissant bien, travailler avec les bases de données, ça doit être nickel pour se genre de travail.

Citation : Lord Casque Noir

Des fois, utiliser l'outil adapté ...

test=> CREATE TABLE a (id SERIAL PRIMARY KEY, a TEXT, b TEXT, c FLOAT, d INT, e INT, f INT, g INT, h INT, i INT, j INT, k FLOAT, l FLOAT);
NOTICE:  CREATE TABLE créera des séquences implicites « a_id_seq » pour la colonne serial « a.id »
NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY créera un index implicite « a_pkey » pour la table « a »
CREATE TABLE
Temps : 109,035 ms
test=> \copy a (a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l) FROM aster1.txt
Temps : 0,852 ms
test=> 
test=> CREATE TABLE b (id SERIAL PRIMARY KEY, a TEXT, b TEXT, c FLOAT, d INT, e INT, f INT, g INT, h INT, i INT, j INT, k FLOAT, l FLOAT);
NOTICE:  CREATE TABLE créera des séquences implicites « b_id_seq » pour la colonne serial « b.id »
NOTICE:  CREATE TABLE / PRIMARY KEY créera un index implicite « b_pkey » pour la table « b »
CREATE TABLE
Temps : 211,233 ms
test=> \copy b (a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l) FROM aster2.txt
Temps : 0,876 ms
test=> 
test=> SELECT DISTINCT ON (a) * FROM a ORDER BY a, id;
 id |      a       |      b      |   c   |  d  |  e  | f |  g  |  h  |  i  |  j  |   k    |  l   
----+--------------+-------------+-------+-----+-----+---+-----+-----+-----+-----+--------+------
  1 | C169v2-00004 | Aster-05984 | 47.09 | 223 | 110 | 4 |   1 | 218 |  24 | 243 |  9e-55 |  207
  2 | C169v2-00005 | Aster-03546 | 66.67 | 264 |  88 | 0 |   1 | 264 |  13 | 276 | 5e-101 |  362
  3 | C169v2-00006 | Aster-06981 | 29.01 | 262 | 162 | 6 | 119 | 362 | 180 | 435 |  2e-20 | 96.3
 21 | C169v2-00007 | Aster-02416 | 71.79 | 156 |  42 | 2 |   3 | 158 |   4 | 157 |  5e-53 |  201
 22 | C169v2-00008 | Aster-00624 | 54.82 | 166 |  74 | 1 | 144 | 308 |   1 | 166 |  2e-48 |  187
(5 lignes)

Temps : 0,439 ms
test=> SELECT DISTINCT ON (a) * FROM b ORDER BY a, id;
 id |      a      |      b       |   c   |  d  |  e  | f  |  g  |  h   |  i  |  j  |   k   |  l   
----+-------------+--------------+-------+-----+-----+----+-----+------+-----+-----+-------+------
 18 | Aster-02416 | C169v2-00007 | 26.92 | 104 |  69 |  2 | 138 |  241 | 122 | 218 | 0.004 | 37.4
  2 | Aster-03090 | C169v2-05737 | 33.23 | 668 | 374 | 14 | 413 | 1069 |  11 | 617 | 3e-84 |  308
  9 | Aster-03091 | C169v2-07318 | 37.23 | 188 | 108 |  4 | 131 |  317 | 161 | 339 | 2e-26 |  115
  8 | Aster-03546 | C169v2-00005 | 30.16 |  63 |  42 |  1 | 129 |  189 | 163 | 225 |   8.2 | 28.5
  1 | Aster-05984 | C169v2-00004 | 40.35 | 575 | 297 | 10 | 415 |  987 |  30 | 560 | 2e-92 |  336
(5 lignes)

Temps : 0,441 ms
test=> WITH a AS (SELECT DISTINCT ON (a) * FROM a ORDER BY a, id), b AS (SELECT DISTINCT ON (a) * FROM b ORDER BY a, id) SELECT * FROM a JOIN b ON (a.a=b.b AND a.b=b.a);
 id |      a       |      b      |   c   |  d  |  e  | f | g |  h  | i  |  j  |   k    |  l  | id |      a      |      b       |   c   |  d  |  e  | f  |  g  |  h  |  i  |  j  |   k   |  l   
----+--------------+-------------+-------+-----+-----+---+---+-----+----+-----+--------+-----+----+-------------+--------------+-------+-----+-----+----+-----+-----+-----+-----+-------+------
  1 | C169v2-00004 | Aster-05984 | 47.09 | 223 | 110 | 4 | 1 | 218 | 24 | 243 |  9e-55 | 207 |  1 | Aster-05984 | C169v2-00004 | 40.35 | 575 | 297 | 10 | 415 | 987 |  30 | 560 | 2e-92 |  336
  2 | C169v2-00005 | Aster-03546 | 66.67 | 264 |  88 | 0 | 1 | 264 | 13 | 276 | 5e-101 | 362 |  8 | Aster-03546 | C169v2-00005 | 30.16 |  63 |  42 |  1 | 129 | 189 | 163 | 225 |   8.2 | 28.5
 21 | C169v2-00007 | Aster-02416 | 71.79 | 156 |  42 | 2 | 3 | 158 |  4 | 157 |  5e-53 | 201 | 18 | Aster-02416 | C169v2-00007 | 26.92 | 104 |  69 |  2 | 138 | 241 | 122 | 218 | 0.004 | 37.4
(3 lignes)

Je pense que ça résoud bien ton problème. Tu as tout ce dont il te faut maintenant

Bonjour, est ce que vous savez comment puis faire ceci il faut que j'ai un sgbd sous la main ?
Ou bien oppen office peut marcher?

Avec python (2.6 à 3.x), tu as SQLite 3 installé par défaut. Il est simple, léger et fera très bien l'affaire pour ton projet. Swinnen en fait une courte introduction dans la dernière version de son tuto (Python 3).

import sqlite3
with sqlite3.connect(filename) as conn:
    cur = conn.cursor()
    # manipuler la bdd...
    conn.commit()
    cur.close()

Ben, j'ai continue mon code mais le soucis c'est que si je rajoute dans le dictionnaire , le num3 est vide:
En fait je peux recuperer les positiosn dans le premier fichier car cest toujours la meme chose.
Donc un seul dico des positions suffit

#! /usr/bin/python


#coding=utf-8

#parseur 1-----------------------reciprocal best blast hits-------------------------------------------------------------------------------


d1, d2 = {}, {} # dcitionnaire
d3,d4={}, {}
essai1=[]
with open('coco_aster.txt') as fichier:# ouverture du fichier coco_aster, lecture de chaque ligne et comparaison des doublons....
  	   for line in fichier:
     		  cv, aster = line.split('\t')[:2]
		  psositon=line.split('\t')[6:10]
		  if cv not in d1:
         		 d1[cv] = aster         #remplissage dans un dico
			 d3[cv] = psositon   


with open('aster_coco.txt') as fichier:# ouverture du fichier aster_coco, lecture de chaque ligne et comparaison des doublons....
  	 for line in fichier:
    		   aster, cv = line.split('\t')[:2]
		   psositon=line.split('\t')[6:10]
     		   if aster not in d2 :
         			   d2[aster] = cv  #remplissage dans un dico
				  


num1 = [(cv, aster) for cv, aster in d1.iteritems()] 
num2 = [(cv, aster) for aster, cv in d2.iteritems()]
num4=	[(cv,  psositon ) for cv,  psositon  in d3.iteritems()] 
num3 = [t for t in num1 if t in num2]			#best hit

PS: JE ne peux pas utiliser sqlite car je ne suis pas sur mon ordi donc j'ai pas le droit d'administartion pour faire une mise a jour de mon python.

modifie

cette ligne

num2 = [(cv, aster) for aster, cv in d2.iteritems()]

par

num2 = [(cv, aster) for cv, aster in d2.iteritems()]

t'as juste inversé cv et aster

Bonjour, je ne comprends pas en quoi en inversant le num 2 ca va changer car la j'ai modifie le code en ceci:

Heuuu t'as testé avant de dire en quoi ça ne change rien?

Moi je répond à ci-dessous

Citation

Ben, j'ai continue mon code mais le soucis c'est que si je rajoute dans le dictionnaire , le num3 est vide

Réponse : C'est parce-que t'as inversé aster et cv, point.

Bonjour,
la je suis partie en faisant d'une autre facon:

Citation : k.mamoud

PS: JE ne peux pas utiliser sqlite car je ne suis pas sur mon ordi donc j'ai pas le droit d'administartion pour faire une mise a jour de mon python.

SQLite3 est installé par défaut, et que ce soit Python 2.6 ou Python 3.1, tu n'as rien à installer. (par contre, je n'ai rien trouvé pour Gadfly sous Python 3)

Citation

par contre, je n'ai rien trouvé pour Gadfly sous Python 3

Oui et d'ailleurs sur la version 2.6 et 2.7 gadfly ne fonctionnera pas car le module md5 est déprécié.

Si ça t'intéresse, j'ai réussi à faire fonctionner gadfly en modifiant sa classe en virant md5 et le remplacer par le module hashlib, je pourrais te donner le déroulement simple sur Ubuntu

Pour les versions antérieur à python 2.6, il y a aussi sqlite :

import sqlite # version 1
import sqlite2 # version 2