Bonjour, 

J'apprends en ce moment le JAVA pour un projet universitaire, je dois aligner 2 séquences protéiques. 

J'ai écrit l'algorithme d'alignement, mais lorsque j’exécute, j'ai l'impression que le programme tourne à l'infini. Je ne sais pas si j'ai foiré quelque chose dans l'algorithme, ou si simplement mon JAVA n'est pas assez bon. 

Pourriez vous me donner un coup de main ? merci d'avance.

L'algo utilisé est basé sur Needleman & Wunsch. 

public class NeedWunsch   {
	
	private String sequence1;
	private String sequence2;
	
	private int matrice[][];
	
	
	public NeedWunsch(String s1, String s2){//constructeur class
		this.sequence1 = s1;
		this.sequence2 = s2;
	}
	
	public String[] AlgoNeedWunsch(){ //construction de la matrice (initialisation des gap puis comparaison)
		int i,j, init = 0;
		StringBuilder aligne1 = new StringBuilder();
		StringBuilder aligne2 = new StringBuilder();
		
		matrice = new int[sequence1.length()+1][sequence2.length()+1];
		
		for(i = 0; i < sequence1.length()+1; i++){
			matrice[i][0] =  init;
			init --;
		}
		
		for(i = 0, init = 0; i < sequence2.length()+1; i++){
			matrice[0][i] = init;
			init --;
		}
		
		
		for(i = 1; i <= sequence1.length(); i++){
			for(j = 1; j <= sequence2.length(); j++){
				if(sequence1.charAt(i-1) == sequence2.charAt(j-1)){
					matrice[i][j] = matrice[i-1][j-1] + 1; // si match, on ajoute le socre diag +1 
				}
				else{
					if(matrice[i-1][j] > matrice[i][j-1])
						matrice[i][j] = matrice[i-1][j]-1;
					else
						matrice[i][j] = matrice[i][j-1]-1;
				}
			}
		}
		
	//debut de l'alignement
		
		for(i = sequence1.length(), j = sequence2.length(); i > 0 || j > 0;){
			if(i > 0 && matrice[i][j] == matrice[i-1][j] + 1){
				aligne1.append(sequence1.charAt(--i));
				aligne2.append("-");
			}
			else if(j > 0 && matrice[i][j] == matrice[i][j-1] + 1){
				aligne2.append(sequence2.charAt(--j));
				aligne1.append("-");
			}
			else if((i > 0 && j > 0) && (matrice[i][j] == matrice[i-1][j-1])){
				aligne1.append(sequence1.charAt(--i));
				aligne2.append(sequence2.charAt(--j));
			}
		}
		
		return new String[]{aligne1.reverse().toString(), aligne2.reverse().toString()};
	}
	
	
	
	
	
	public void AffichageM(){//methode affichage
	System.out.println("Affichage de la sequence 1 : "+sequence1);
	System.out.println("Affichage de la sequence 2 : "+sequence2);
	
		System.out.println("Calcul de la matrice");
	
	
		for(int i = 0; i < sequence1.length()+1; i++){
			for(int j = 0; j < sequence2.length()+1; j++){
				System.out.print("  "+this.matrice[i][j]);
			}
			System.out.println();
		}
		
	
	
	}

	
	
	
	
}

et enfin la classe de test: 

import java.sql.SQLException;

public class Test {

	public static void main(String[] args) throws SQLException {
		
		String[] res = new String[2];
		Bdd recup = new Bdd();
		recup.recup_sequence();
		
		NeedWunsch test = new NeedWunsch(recup.getS(0), recup.getS(1));
		
		res = test.AlgoNeedWunsch();
		
		System.out.println(res[0]);
		System.out.println(res[1]);
	}

}

Je précise, j'ai une classe BDD, rien d'important, je réussi a me connecter à ma base, je récupère 2 séquences, je sais que la matrice d'alignement est créer (elle s'affichait avant que j'ajoute la dernière partie de l'algo).

Merci 

Une classe qui se connecte à une base de données, et qui récupère des séquences, pour l'instant seulement 2.

J'ai réussi à faire fonctionner le programme, mais il y a quelques erreurs, mais je pense qu'il faudrait quelqu'un qui connaisse l'algorithme de Needleman and Wunsch.

Je demande au cas ou, mon algo ne fonctionne que si et seulement si : le match >= mismatch && gap(à l'initialisation) == mismatch.

Merci