Je ne connais pas particulièrement de logiciel pour ça, mais un simple script shell devrait faire l'affaire.
L'idée est d'appeler le client mysql dans le script en lui passant sur son entrée standard les commandes nécessaires pour réaliser la sauvegarde. Ça fait pas mal de temps que je n'ai pas fait de SQL, mais je crois que c'est DUMP INTO FILE, ou quelque chose comme ça.
Ça donnerait un truc de ce genre:
#!/bin/bash
mysql -h nom_du_serveur -u login -p password <<EOF
DUMP 'nom_de_la_base' INTO 'le_fichier_de_sauvegarde'
EOF
Si tu veux réaliser des sauvegardes de manière régulière et automatique, utilise cron pour exécuter ce script au moment voulu.
Pour l'import vers Microsoft SQL Server, euh... aucune idée. Le principal problème qui risque de se poser, c'est l'incompatibité entre le code SQL généré par MySQL et le code SQL supporté par SQL Server.
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