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idée de programmation chaine de caractère remplace

    14 novembre 2015 à 2:04:02

    bonjour,
    j'ai un alignement de deux séquences et voici le fichier de sortie.
    3 2881 ATTTAAGTGCCTGGGCCCCTTTGGAACCGTTTAAACCGTTGTGTGGTGTTGAAATTTTTT
    8547 10456 CTTGCTTAACCGTTGGCCCGGGGGGGGGAAACGTGTGTGTGTAAAACCCCCCCTGGGAAAAA
    4498 6926 GTGGGTTCCCAAAACGTTGGGCCACACACACACAGGGGGGGGGGTTTGGGGGGCCCCACCC
    6853 7847 ACGTTGGGCCACACACACACAGGGGGGGGGGTTTCTCGGGAAAAAAACCCCTTTTTTTTTTTTTTTTT
    3678 4567 ......
    2895 3684 ..........
    2314 3242 ........
    500 1503 ..........

    la première et la deuxième colonne c'est la position du début et de fin d'alignement dans la séquence SEQ.
    et la troisième colonne c'est la partie de l'alignement d'une séquence C avec SEQ.
    Je veux faire une modification à partir de la position debut jusqu'à la fin de la séquence SEQ en mettant la séquence de la troisième colonne.
    c'est à dire dans la position de 3 à 2881 je mettre "ATTTAAGTGCCTGGGCCCCTTTGGAACCGTTTAAACCGTTGTGTGGTGTTGAAATTTTTT". (par exemple)
    est-ce que vous avez une solution?
    Merci
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    idée de programmation chaine de caractère remplace

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