bonjour,
je travaille sur un logiciel de traduction de sequence d'adn en sequence d'acide aminé en php; quelqu'un auraitil travaillé sur le meme sujet en langage c?

Avant d'aller plus loin, si tu veux parler programmation, c'est pas là...
Sinon je peux peut etre t'aider, mais par mp...

C'est fort dommage d'avoir une telle attitude sur un forum d'entraide. Si tu as des informations, ou une aide quelconque à lui apporter, fais le sur le forum. Il est fait pour ça, et en plus, d'autres pourront en profiter pendant longtemps, y accéder depuis un moteur de recherche, etc. C'est bien mieux pour le partage des connaissances. Fais en profiter tout le monde !

Explique ton Probleme tgmg...

Je pense qu'il existe des lib de bioinfo qui ont du etre écrite pour ça ( gérant des phénomènes comme les parties-non-codantes, les épissure, ... )

sinon comme point de départ tu as le code génétique

après c'est lire une chaine de texte par séquence de trois lettres et matché la combinaison.

( ne pas oublier que la méthionine est souvent le premier AA d'une chaine ... mais pas toujours )

@ DrDam : Le PO n’est pas revenu depuis le 21 décembre, il est allé voir ailleurs à mon avis.

Mais au cas où le sujet intéresserait du monde, oui il existe des bibliothèques de bioinfo pour ce genre de choses, par exemple :
– le NCBI Toolkit, version C (ancienne) et C++ (moderne) ;
– la bibliothèque Ajax (qui fait partie de la suite EMBOSS), en C ;
– dans d’autres langages, tous les projets BioQuelqueChose (BioPerl, BioPython, BioRuby, BioJava, etc.).

Pour autant que je sache néanmoins, aucune ne gère automatiquement la présence d’introns ; c’est au code appelant de savoir quelles sont les parties de la séquence à traduire.

bonjour a tous,
en ce concerne mon script sur la traduction d'ADN en AA en Php, j'ai un formulaire dans la quelle je colle ma séquence d'adn deja épissé. je voudrais juste cliquer sur le bouton traduction pour que s'affiche la séquence en acide aminé. comment relier mon formulaire dans la quelle je colle la séquence a ma base de donnée contenant les codon et les AA correspondants?

Salut,

à mon avis ton problème devient plus un problème de programmation que de biologie. Pour faire rapide, tu peux récupérer les données de ton formulaire grâce aux variables PHP de type $_POST et ensuite séparer chacun des codons pour les traduire.
Pour la base de données il suffit d'utiliser les fonctions permettant d'accéder à celle que tu as mise en place (MySQL ou PostgreSQL par exemple) pour pouvoir obtenir un tableau (array) de correspondance entre les codons et acides aminés.

Pour les détails techniques (fonctions à utiliser,...) je t'invite à lire le cours sur PHP présent sur le site (partie gestion de formulaires et interrogation de bases de données notamment).

++

Perl a pas mal de chose sur la bioinfo, les modules bioperl sont trés bien pour ce genre de travaux. Et un livre de Perl "Introduction à Perl pour la bioinformatique" de chez O'Reilly plein plein de chose sur la bioinfo a voir