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J'ai tout compris !

Mis à jour le 15/12/2020

Prenez en main R et R Studio

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Bienvenue dans ce cours sur R ! La première étape de ce cours est d'installer les logiciels que vous allez utiliser : R et R Studio. C'est très simple, vous n'avez qu'à suivre ce chapitre pas-à-pas. C'est parti !

Qu’est-ce que le logiciel R ?

R est un logiciel de la famille GNU. Le projet GNU a été lancé en 1984 afin de développer un système d’exploitation complet, semblable à Unix, et qui soit un logiciel libre. Ces systèmes d’exploitation, de type Linux, sont maintenant couramment utilisés. R (ou GNU-R) est un logiciel de statistiques interactif et interprété. Il est dédié à l’analyse statistique et à la visualisation de données.

Sachant qu’environ 80 % du temps de l’analyse est dédié à la préparation des données, R permet :

  • la manipulation de données ;

  • la réalisation des opérations mathématiques classiques : cos, sin, etc., les nombres complexes, les données discrètes, l’algèbre linéaire ;

  • l’application de techniques statistiques comme la régression, les arbres hiérarchiques, les arbres de régression, les techniques multivariées, etc. ;

  • la création de représentations graphiques (histogrammes, diagrammes en bâton...).

R est disponible sous de nombreux systèmes d’exploitation et est composé d’un socle (« base ») et de bibliothèques de fonctions thématiques regroupées sous le nom de package.

Utilisez le logiciel R

Installez R

Vous pouvez télécharger le logiciel R à cette adresseL’installation de R est très facile et bien documentée, il vous suffira de suivre les instructions pour réaliser l’installation.

N’hésitez pas à mettre cette page en favori, car c’est le bon endroit pour suivre les évolutions du logiciel, et avoir des réponses aux questions fréquemment posées (FAQ)...

Ouvrez une session de travail sur R

Pour utiliser le logiciel R sous Windows, il faut ouvrir une session de travail. Pour ouvrir une session sous Windows, il faut cliquer sur l’icône R du bureau de façon à ouvrir une fenêtre.

Les données de travail et les commandes utilisées seront alors enregistrées à l’endroit où R a été installé.

La console de R attend une instruction, cela est indiqué par ">" en début de ligne. Chaque instruction doit être validée par Entrée pour être exécutée.

Repérez-vous sur R

Pour savoir où vous travaillez, utilisez la fonction :

getwd()
# [1] "C:/Users"

et pour changer de répertoire de façon manuelle :

setwd("C:Users") # notation typée windows
setwd("C:/Users") # notation typée linux

Utilisez R plus facilement avec RStudio

L’utilisation de R est facilitée par l’installation d’un IDE (integrated development environment) ou "environnement de développement intégré".

RStudio est une application permettant de travailler en R dans un environnement de développement riche et complet que nous allons utiliser dans la suite de ce cours. 

Découvrez l’interface de RStudio

L'interface de R Studio
L’interface de RStudio

RStudio est divisé en 4 quadrants :

  1. Éditeur de texte, de codes, etc.

  2. Espace de travail, historique, importation, etc.

  3. Console

  4. Visualisations, aide

Ouvrez une session

Lorsque vous ouvrez le logiciel RStudio, il cherche une trace éventuelle d’une session antérieure gardée sous la forme de fichier “image” au format interne de R. S’il en trouve une, il la charge et vous retrouvez les objets et fonctions de votre précédente session. Sinon aucun objet n’est présent.

Pour chaque projet de travail, je recommande de créer un répertoire de travail dans lequel sera sauvegardée une image de la session concernant ce projet. Je recommande également à l’utilisateur d’écrire les commandes dans un fichier texte afin de pouvoir les réutiliser au besoin.

Écrivez une instruction

Pour exécuter le code du script, on sélectionne la ligne et l’on appuie sur  Run  ou l’on utilise le raccourci clavier  Ctrl + Entrée  .

Si l’instruction est correcte, R l’exécute et redonne la main,  >  , si l’instruction est incomplète, R retourne le signe  +  , il faut alors compléter l’instruction ou sortir.

Quittez la session

Par défaut, R conserve en mémoire les objets créés (variables, tableaux de résultats, etc.). À l’issue de la session, ces objets peuvent être sauvegardés dans une image de la session nommée  .RData  , grâce à la commande  save.image()  ou en quittant la session, avec la fonction  quit .

Tous les objets créés lors de la session sont stockés dans un fichier “image” et lorsque vous quittez R, une question vous demande s’il faut ou non le garder. On peut stocker une image de manière intentionnelle en utilisant (sous Windows) le menu  Fichier > Sauvegarder (pour les récupérer, il suffira d’utiliser le menu  Fichier > Charger  ).

Cela permet de séparer les fichiers stockant des objets R appartenant à des projets différents.

Ensuite, quittez la session R, en cliquant  Fichier > Sortir  (ou l’équivalent, selon votre système d’exploitation). 

Pour obtenir de l’aide sur une fonction

Dans RStudio, vous pouvez obtenir de l’aide sur une fonction en consultant la documentation, de deux façons :

  1. Directement dans la console

  2. Dans l’aide du logiciel, en HTML

Par exemple, pour la fonction  mean  , vous pouvez obtenir de l’aide dans la console ainsi :

help(mean)

ou grâce à l’onglet  Help  .

Si l’aide de RStudio n’est pas suffisante, voici quelques sites qui vous seront précieux :

Vous pouvez même appeler ce premier lien directement dans RStudio avec la fonction

RSiteSearch("mean")  .

Installez de nouveaux packages

Un package est simplement un ensemble de programmes R qui permet d’augmenter les fonctionnalités de R. Un package est généralement dévolu à des méthodes particulières ou à un domaine d’applications.

Le nombre de packages est en perpétuelle augmentation. Certains d’entre eux sont considérés comme indispensables (MASS, rpart, etc.) et sont fournis avec R. Les autres constituent des avancées récentes en statistiques et peuvent être téléchargés librement sur le réseau CRAN.

Pour installer un package, vous pouvez utiliser l’onglet  Package  de RStudio, ou la fonction  install.packages("nom_du_package")  .

Afin d’utiliser un package installé, il faut ensuite le charger pour la session de travail avec la fonction  library(nom_du_package)  .

Certains packages sont en constante évolution, avec de nouvelles versions régulièrement disponibles. Il est donc intéressant de les mettre à jour de temps en temps.

Le mieux est de mettre à jour les packages à l’ouverture d’une session R, en utilisant la fonction  update.packages()  .

En résumé

  • Vous pouvez utiliser R tout seul, ou de préférence grâce à l’environnement de développement RStudio.

  • Vous avez vu comment ouvrir une session et faire vos premiers pas sur R.

  • Vous avez vu comment utiliser l’aide de R et comment installer des nouveaux packages.

Et voilà, votre environnement de travail est installé, voyons à présent les différents types d'objet que vous allez manipuler au quotidien, dans le prochain chapitre.

Exemple de certificat de réussite
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