if alias['reactifJointure'] == True and alias['produitJointure'] == True :
            print 'a'
        
    """ Le réactif à une jointure droite """
    elif alias['reactifJointure'] == True :
            print 'a'
            
    """ Le produit à une jointure droite """
    elif alias['produitJointure'] == True :
            print 'a'

if machin == True, c'est moche. Écris directement if machin.
Sinon, si ton code ce dessus est vraiment dans ton programme, tu peux le simplifier en un seul test (mais j'imagine que ce n'est pas le cas ?).

@Maxi : En effet, merci, j'avais perdu l'habitude de cette technique. Sinon, j'ai encore le syntax error.
De plus, je ne peux pas simplifier tout en un seul test car les calcules sont différent en fonction de(s) molécule(s) sur le quel on effectue les calcules.

Pour ton erreur de syntaxe, peux-tu reposter exactement le code tel que tu l'envoies à Python ? Ça doit effectivement venir de l'indentation.

Voilà ! J'utilise des tabulations normalement mais firefox les transformes en espace.

""" Le réactif et le produit ont une jointure à droite """
        if alias['reactifJointure'] and alias['produitJointure'] :
            print 'a'
        
        """ Le réactif à une jointure droite """
        elif alias['reactifJointure'] :
            print 'a'
        
        """ Le produit à une jointure droite """
        elif alias['produitJointure'] :
            print 'a'

Utilise des espaces (tu viens en fait de comprendre l'intérêt de ce choix). N'importe quel éditeur digne de ce nom te proposera de remplacer tes tabulations par des espaces (une fois maintenant dans ton code et ensuite directement quand tu les écriras).
Et la convention en Python, c'est 4 espaces par niveau d'indentation. Tu ferais mieux de la suivre plutôt que de rester avec des tabulations (qui ne t'apporteront que des ennuis) au cas où quelqu'un ne la suivrait pas.

À tout hasard, tu travailles bien avec Python 2 ?

Je travail sous python 2, j'ai tenté python 3 mais j'ai trouvé aucun site qui me montre les différences entre les deux et une erreur sur un simple "print" m'a fait renoncer la version 3 pour le moment.
Sinon, j'ai effectué un rapide petit remplacement de toute les tabulations en 4 espaces... mais l'erreur de syntaxError apparaît encore, voici toute les lignes au dessus (Pour le moment, non commenté), au cas ou l'erreur viendrais d'en haut :

""" Début du calcul """
    for atomeReactif in reactif :
        j = 0
        
        for tmp in produit :
            if atomeReactif[0] == tmp[0] :
                atomeProduit = tmp
                break;
            j = j + 1
                
        alias = {'reactif': atomeReactif[1][0], 'reactifNombre': reactif[i][1][0], 'reactifSolution': reactif[i][1][2], 'reactifJointure': atomeReactif[1][1],
        'produit': atomeProduit[1][0], 'produitNombre': produit[j][1][0], 'produitSolution': produit[i][1][2], 'produitJointure': atomeJointure[1][1]} 
        
        
        """ Le réactif et le produit ont une jointure à droite """
        if alias['reactifJointure'] and alias['produitJointure'] :
            print 'a'
        
        """ Le réactif à une jointure droite """
        elif alias['reactifJointure'] :
            print 'a'
        
        """ Le produit à une jointure droite """
        elif alias['produitJointure'] :
            print 'a'

Et en virant le point-virgule après break ?

C'est toujours pareil

Edit: Le problème vient uniquement des commentaires (à faire commencer par un #).

En effet ! Merci beaucoup !