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La modélisation 3D d'une protéine

Sujet résolu
19 septembre 2011 à 18:37:26

Bonjour à tous, je me posais une question après avoir lu un article sur les super calculateurs. Dans l'article ils disaient que ces machines sont utilisées notamment pour modéliser les structure 3D d'une protéine.

question:
qu'est-ce que ça veut dire modéliser les structure 3D d'une protéine ?

Et surtout pourquoi utiliser des ordinateurs aussi puissant ?


Merci
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19 septembre 2011 à 21:20:26

Ça veut dire faire cela.
Il faut utiliser des supers-ordinateurs car c'est très complexe de faire de la 3D, surtout à un niveau complexe comme celui-ci.
Tu peux aller voir le temps que met Blender pour faire des formes assez simples.
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Moi, c'est tcitounet. «Peut mieux faire». Rendez-vous sur Zeste de Savoir ♥
Anonyme
19 septembre 2011 à 22:34:52

Bonjour,
j'atouterais que modéliser des structures moléculaires 3D nécessite des calculs compliqués (avec les orbitales quantiques des electrons) et que donc lorsque l'on fait cela pour de grande molécules (protéines) il faut faire beaucoup de calculs.
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20 septembre 2011 à 16:42:22

merci de vos réponses :)

Je passe en résolu mais si d'autre personnes veulent ajouter quelques chose je suis très ouvert :D
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24 septembre 2011 à 15:48:48

Citation

Il faut utiliser des supers-ordinateurs car c'est très complexe de faire de la 3D, surtout à un niveau complexe comme celui-ci.


FAUX! (pour le ptit clin d'oeil à Norman ^^ )
Modéliser une protéine en 3D ca se fait avec un vieux coucou en quelques secondes avec un logiciel comme PyMOL, c'est beaucoup moins complexe qu'une banale scène de Blender.
Ce qui est très compliqué, c'est de modéliser le repliement de la protéine.
Je m'explique: comme tu le sais peut être, une protéine c'est un assemblage d'acides aminés (AA) en file indienne. Connaitre cet alignement est très simple, mais il ne nous dit rien sur la fonction de la protéine: cette fonction est donnée par l'agencement dans l'espace de cette protéine. Car étant une molécule en solution dans l'eau (pour les protéines hydrophiles), elle se replie comme une pelote de laine du fait des propriétés physico-chimiques de chacuns des AA qui la composent.
Et c'est là où c'est compliqué! Comment savoir comment chaque acide aminé va-t-il se placer (à l’angström près) par rapport à ses copains? en tenant compte de qui est à sa droite, à sa gauche, si il y a beaucoup d'agitation moléculaire, d'autres protéines présentes?...
C'est un problème très complexe, dont un des pionnier fut Ramachandran et son célèbre diagramme, qui à partir de petits bouts de plastique a réussi à prédire que les acides aminés quand ils se tenaient en file indienne avaient de grandes chances de former des hélices (hélice alpha) et des feuillets (feuillet bêta) et c'est ca ce que tu vois sur la représentation des protéines: des hélices et des feuillets connectés par des chaînes déstructurées.
Ca a l'air facile du coup, mais quand tu sais que la fonction de la protéine repose souvent sur la position d'un atome de carbone au nanomètre près et qu'elle dépend même de la température et du pH, tu remarques à quel point il faut effectuer un travail de calcul énorme.
Un concours de modélisation de protéines a même lieux tous les ans entre les labos, le but est de replier une protéine in silico et de la comparer avec sa structure déterminée par cristallographie à rayon X (la méthode expérimentale la plus précise mais qui peut prendre des mois). Ce concours s'appelle le CASP9.
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24 septembre 2011 à 18:59:35

merci pour ta précision et ta réponse très complète :D
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La modélisation 3D d'une protéine

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