Salut a tous ! je vient de découvrir un logiciel qui s'appelle RasMol et il permet de visualiser des molécules en 3D.
1er Question : ou je peux trouver un bon nombre de fichier PDB (format de fichier que utilise RasMol) ?
2eme Question : est que il existe un logiciel ressemblent a RasMol sauf que c'est pour voir des atomes et non des molécules ?

Merci d'avance pour vos réponses !!

Premiers questions quels est ton OS.
RasMol n'est pas a priori le logiciel le plus adapté pour toi (assez spécifique mais très bon pour les structures périodiques, crystal, surface, polymères)

Donc quelle est l'usage que tu veux en faire ?

je suis sous windows xp sp2, et c'est juste pour un usage personnelle

Ok
Je suppose que tu cherche du gratuit et légal
Donc pour tracer en 2D je te conseille ChemSketch.
Pour le 3D, Jmol ou Mercury pour les solide sont de bon choix.

Sinon j'attends par usage, je veux dessiner des molécules organique, des protéines, des cellules, des polymères, des solides, des matériaux nanostructuré ...

ok merci !

Je dévie un peu du sujet originel pour demander si quelqu'un connaîtrait un bon logiciel pour dessiner des mailles cristallines en format vectoriel. J'utilise en ce moment un script python écrit par un collègue, mais il a fait ça a la truelle, il faut changer la moitié du script pour tracer quelque chose de différent, et je n'ai pas le temps de le refaire.
J'utilise aussi jmol pour visualiser en 3D, mais c'est beaucoup trop chargé pour pouvoir le mettre dans un article si on veut juste définir des sites.

Pareil quel OS?
Si tu es Linux/Unix aisé les logiciels de schrodinger gratuit pour les académique.
Sinon rien de mieux de Accelerys Material Studio.
Sinon RasMol mais je maîtrise pas

L'OS, peu importe, Windows ou Linux c'est très bien.

J'ai regardé les logiciels de Schrödinger et Accelrys, je n'ai pas l'impression que le gain comparé à jmol soit intéressant dans mon cas. Je ne cherche en aucun cas à faire des simulations, j'ai déjà un code pour ça, juste des représentations très simples, du style de http://pegasus.cc.ucf.edu/~jparadis/ch [...] 0pics/FCC.gif . J'ai déjà essayé pas mal de logiciels, mais soit le résultat est "brouillon", soit l'image créée n'est pas vectorielle.

Citation : Myoblaster

Je ne cherche en aucun cas à faire des simulations, j'ai déjà un code pour ça

Tu utilise VASP ou un analogue?
Essaie VASP view.

Sinon le meiux c'est quand même Schrödinger et Accelrys. POur les calculs en effet il sont implementer mais on des licences à part. J'utilise régulièrement Accelrys mais je ne lance pas mes calculs avec.
Materiel Studio rest le Rolls des programme de visualisation.

Sinon regarde ici: http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_s [...] nics_modeling
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_m [...] phics_systems